En el quinto trabajo Hércules tenía que limpiar en un solo día los establos del rey Augías, soberano de la Hélide en el Peloponeso. Este rey era hijo de Helios y había recibido de parte de su padre una enorme cantidad de ganado que fue reunido en un recinto sin posibilidad de salir y sin recibir ningún tipo de limpieza, por lo que el estiércol se fue amontonando en cantidades monumentales y había generado todo tipo de gérmenes que habían invadido toda la península, desatando grandes pestes.
Hércules tuvo que enfrentar tan vergonzosa tarea y lo hizo sin preocuparse. Se presentó ante Augías sin mencionar que había sido enviado por Euristeo y el rey creyó tan absurdo su pretensión de realizar la tarea en un solo día que ofreció trescientos bueyes si lo conseguía. El héroe acepto y Fileo, hijo del rey, fue con Hércules para ser testigo de lo que ocurriera.Hércules se dirigió al establo y se puso a trabajar de inmediato, con toda su fuerza hizo un gran boquete en una de las paredes del recinto. Cuando éste estuvo listo, no perdió tiempo y fue trazando un surco en el suelo desde el boquete recién creado en una dirección que Fileo no terminaba de comprender, pero su sorpresa no tuvo límites cuando comprendió lo que Hércules pretendía hacer. Ese surco estaba dirigido hacia la conjunción de los ríos Alfeo y Peneo, ubicados a una altura superior a la del establo, con lo cual se lograría que las aguas de estos dos ríos fueran desviadas y atravesaran el lugar para limpiar así toda la suciedad allí reunida con el paso de los años.
Las aguas de los dos ríos cayeron con toda su fuerza y removieron toda la espantosa inmundicia hasta dejar el establo perfectamente limpio.
Augías no pudo creer lo que había ocurrido y no tenía ninguna intención de pagar lo pactado, por eso cuando supo que Euristeo había encargado la tarea dijo sentirse indignado con Hércules y negó lo acordado. Ante la protesta del héroe, Augías decidió someter la situación a arbitraje, seguro de vencer, pero Fileo se puso de parte de Hércules. Ambos fueron expulsados del reino por órdenes del rey, pero el hijo de Zeus reunió un grupo de hombres que estaban en contra de Augías y atacaron, dando muerte al rey y colocando a Fileo en el trono. Hércules abandonó aquel lugar con los trescientos bueyes.
Pero esos no fueron sus últimos pesares en esta tarea, porque Euristeo no reconoció este trabajo como símbolo de la penitencia que Hércules debía pagar ya que el héroe había obtenido un pago a cambio.